揭幕戰由德國迎戰哥斯達黎加
法國對葡萄牙，席丹射点球的一刻
本屆決賽週賽事於2006年6月9日開始，32支球隊被分成8個小組，每組各有4隊進行3場賽事，勝出得3分，平局得1分 ，敗仗得0分。每組成績最好的兩隊則可晉身淘汰賽階段。由16強、8強、4強直到總決賽，如果法定時間賽完時平手，則進行兩節各15分鐘的加時賽，加時賽須全程踢完，而非設金球或銀球制；若再未能分出勝負，則以點球定勝負。
揭幕戰於慕尼黑世界盃球場由德國迎戰哥斯達黎加，結果地主隊德國以4–2擊敗對手。比較過往幾屆賽事，本屆決賽週小組賽階段的黑馬球隊不多，冷門賽果亦較少出現，只有烏克蘭、迦納、厄瓜多及澳洲等非傳統強隊表現較為突出，原先被看好的幾支勁旅均踢出佳績，能晉身16強階段的隊伍大部分屬歐洲與拉丁美洲的球隊，4支亞洲球隊則以1勝4和7負的劣績遭淘汰。
進入淘汰賽階段後，每支勁旅隨著遭遇不同對手而各有不同命運：首先分組賽表現極佳的西班牙隊以1–3被法國隊淘汰，後者雖一度不被看好，但在淘汰西班牙後，又分別於8強賽及4強賽中，擊敗上屆冠軍巴西隊與葡萄牙隊，繼1998年後再度殺入決賽；英格蘭隊在8強賽繼2004年歐洲國家盃後，再度被葡萄牙隊以互射十二碼淘汰，是近10年第3次在國際賽事中輸在互射十二碼階段；上屆亞軍兼主辦國德國隊一度極被看好留下金盃，在半準決賽以互射十二碼擊敗奪冠大熱門阿根廷隊，賽後雙方球員在球場上發生衝突，可惜德國隊在準決賽加時臨結束前，被意大利隊連進兩球，只能與葡萄牙隊爭季軍，而德國最終繼1962年的智利和1990年的意大利後成為第三支獲得季軍的地主隊；意大利隊在16強賽對澳洲隊時，憑一記具爭議性的十二碼球得以出線，然而，事後的重播影像支持裁判的判決，格羅索承認他並非遭到非常嚴重的衝擊，那次摔倒是有一些演戲的成份在內，但澳洲隊的後衛尼爾的確有跟他發生碰撞，也應該要被吹犯規[2], 接著以3–0勝烏克蘭晉身4強。這是自1982年（前四名分別為義大利、西德、波蘭、法國）後，世界盃首次由歐洲球隊包辦4強席位—地主德國、法國、葡萄牙及意大利。
決賽於7月9日在首都柏林的奥林匹克体育场舉行，由兩支賽前奪冠呼聲不高的意大利隊及法國隊爭奪冠軍。法國隊憑席丹射入一個12碼首開紀錄，隨後意大利隊後衛馬特拉斯接應角球頂入為球隊追成1–1，雙方在法定時間90分鐘之內再無入球，進入加時階段，加時下半場席丹因用頭撞馬特拉齊胸部而被領紅牌離場，加時階段完畢仍然未分出勝負，在互射十二碼，法國前鋒查斯古特射中横樑，意大利終以5–3勝出，隊長法比奥·卡纳瓦罗站上頒獎台高舉大力神盃，代表球隊歷史性第4度勇奪世界盃。季軍賽方面，主辦國德國隊在中場新人施魏因斯泰格的傑出發揮下以3–1擊敗葡萄牙隊獲得季軍。
個人獎項方面，施丹在爭議聲中獲得世界盃金球獎，兩名意大利隊成員簡拿華路及安德烈亚·皮尔洛則獲銀球獎及銅球獎；兩名德國隊射手普度斯基分別奪得世界盃金靴獎及最佳年青球員，本次金靴得主僅有5球且無人並列，是自1962年世界盃以來入球數量最低的一屆。
以世界地圖形式展示本屆世界盃各支球隊最終成績
本屆世界杯亦有相當多備受爭議的事件。除了決賽席丹與馬特拉齐衝突事件外，8強德國對阿根廷在完場後，有阿根廷球員出手向德國球員動武，結果兩隊都有球員停賽；8強英格蘭對葡萄牙時，英格蘭球員魯尼犯規被驅逐離場，此時對方球員C羅向裁判談話。由於C羅與魯尼當時是英超豪門曼聯的隊友，故C羅此舉被許多英格蘭球迷指出賣魯尼，令C羅備受批評；16強荷蘭隊對葡萄牙隊的賽事，裁判全場出示16面黃牌及4面紅牌（兩隊各有兩人領紅牌），創下歷屆賽事單場比賽最多人被逐出場的紀錄，但其實這場比賽的火藥味相當濃烈，雙方不時有火爆鏡頭。不過亦有球迷歸咎於球證沒有好好控制場內球員的情緒就胡亂出牌，結果鏡頭影到各自被趕出場，同是巴塞隊友的雲邦賀斯及迪高討論場上形勢時均露出無奈的表情。賽後連國際足協主席白禮達亦非常不滿意該球證的表現，更明言「他應該都要給自己一張黃牌」。結果該裁判於葡萄牙對荷蘭的比賽後被國際足協停職。